Kegiatan migrasi dimulai dengan penjajakan atau assesment perangkat komputer di SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta dan melakukan instalasi FOSS pada 2 Desember 2013. Selein pengumpulan data perangkat, tim JGOS juga melakukan identifikasi para guru mata pelajaran yang memanfaatkan TIK dalam prose belajar mengajar mereka. Hal ini dilakukan untuk melihat aplikasi apa saja yang dipakai para pengajar di SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta dan mempersiapkan aplikasi pengganti yang berbasis FOSS. Target pertama migrasi FOSS di SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta adalah Laboratorium Komputer. Dari hasil assesment terdapat 23 komputer yang ada di Laboratorium sekolah dengan spesifikasi serta kondisi hardware dan software yang beragam. Dari 23 komputer, hanya 18 unit komputer yang layak pakai, sementara 5 unit komputer lainnya jarang dipakai untuk praktik siswa dikarenakan spesifikasi hardware yang sangat rendah dan tidak kompatibel dengan banyak perangkat lunak terbaru. 3 Desember 2013, Tim JGOS melakukan percobaan pemasangan sistem operasi berbasis FOSS pada satu komputer dengan menggunakan Distro Opensuse Edu. Namun ternyata sistem operasi Opensuse Edu tidak berjalan maksimal pada komputer dengan spesifikasi perangkat keras yang rendah. Sehingga saat itu disepakati dengan pihak sekolah untuk menggunakan distro lain, yakni Linux Mint 15 yang berjalan ringan di  komputer-komputer laboratorium milik SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta. Bersadarkan hasil ujicoba tersebut, maka pada 4 sampai 6 Desember 2013 dilakukan pemasang sistem operasi berbasis FOSS di 18 komputer laboratorium SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta. Selanjutnya pada  tanggal 8 Desember 2013, tim JGOS melakukan pemeriksaan untuk memastikan ketercukupan pemasangan aplikasi atau perangkat lunak berdasarkan kebutuhan para guru. Dari hasil wawancara dengan guru mata pelajaran, tim JGOS sepakat menambahkan beberapa aplikasi yang dibutuhkan para guru, seperti Libre Office versi terbaru, pemutar video VLC, Lampp, Inkscape, Gimp, Free Pascal hingga Italc Master.